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Einführung in die Bioinformatik WS19/20 Sheets
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- blatt0
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Präsenzübung 0
- Start time:
- Fr 25 Okt 2019 09:30:00
- End time:
- Sa 08 Feb 2020 12:00:00
Assignments 1
- reverse complement
- Implementieren Sie eine Funktion reversecomplement(s) in Python3, welche zu einer DNA Sequenz s ihr reverse complement zurückgibt.
- Blatt 1
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Programmieraufgaben Blatt 1
- Start time:
- Do 24 Okt 2019 14:00:00
- End time:
- Mi 30 Okt 2019 11:00:00
Assignments 2
- A2 - Python
- Entwickeln Sie eine Funktion globalAlignmentScore(s1,s2) in Python, welche den Score des globalen Alignments von s1 und s2 berechnet und zurückgibt.
- A2 - CPP
- Entwickeln Sie eine Funktion int globalAlignmentScore(const std::string& s1, const std::string& s2) in C++ 11, welche den Score des globalen Alignments von s1 und s2 berechnet und...
- Blatt 2
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- Start time:
- Do 31 Okt 2019 10:13:00
- End time:
- Mi 06 Nov 2019 11:00:00
Assignments 2
- Blatt 2 Aufgabe 4 - C++
- Implementieren Sie eine Funktion int affineGlobalAlignmentScore(const std::string& s1, const std::string& s2) in C++11, welche den Score des affinen globalen Alignments von DNA Strings s1...
- Blatt 2 Aufgabe 4 - Python
- Implementieren Sie eine Funktion affineGlobalAlignmentScore(s1, s2) in Python, welche den Score des affinen globalen Alignments von DNA Strings s1 und s2 berechnet und zuruckgibt. Verwenden...
- Blatt 3
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- Start time:
- Di 05 Nov 2019 13:20:00
- End time:
- Mi 13 Nov 2019 11:00:00
- Blatt 4
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Übungsblatt 4
- Start time:
- Do 17 Okt 2019 12:00:00
- End time:
- Mi 20 Nov 2019 11:00:00
Assignments 2
- Blatt 4 Aufgabe 4 Python
- Schreiben Sie eine Funktion makeSTARAlignment(alignments) welche aus einer Liste von paarweisen Alignments das multiple Sequenzalignment mit dem STAR-Algorithmus berechnet. Die Funktion soll...
- Blatt 4 Aufgabe 4 C++
- Schreiben Sie eine Funktion void makeSTARAlignment(const std::vector<Alignment>& alignments ) welche aus einer Liste von paarweisen Alignments das multiple...
- Blatt 7
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- Start time:
- Do 05 Dez 2019 13:55:00
- End time:
- Mi 11 Dez 2019 11:00:00
Assignments 2
- Blatt 7 Aufgabe 4 Python
- Implementieren Sie eine Funktion inverseBWT(s) in Python 3, welche zu einer gegebenen BWT(T)=s den Text T bestimmt. T besteht aus {A,C,G,T,$}, wobei $ einmalig am Ende von T auftritt.
- Blatt 7 Aufgabe 4 C++
- Implementieren Sie eine Funktion std::string inverseBWT(const std::string& s) ; in C++11, welche zu einer gegebenen BWT(T)=s den Text T bestimmt. T besteht aus {A,C,G,T,$}, wobei $...
- Blatt 11
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- Start time:
- Do 16 Jan 2020 13:45:00
- End time:
- Mi 22 Jan 2020 11:00:00
Assignments 2
- Blatt 11 Aufgabe 4 Python
- Implementieren Sie eine Funktion kmeans(points,initCenters,k,n) in Python 3, welche per k-Means Algorithmus zu einer Liste von zweidimensionalen Datenpunkten points k Cluster findet und deren...
- Blatt 11 Aufgabe 4 C++
- Implementieren Sie eine Funktion kmeans(points,initCenters,k,n) in C++11, welche per k-Means Algorithmus zu einer Liste von zweidimensionalen Datenpunkten points k Cluster findet und deren...